Aujourd’hui, le rôle des écosystèmes tropicaux dans les processus de développement durable renvoie à des problématiques complexes. Ils subissent des pressions jusque là inégalées pour la mobilisation de leurs ressources et l’appropriation de leurs terrritoires, et sont des enjeux locaux, nationaux et internationaux pour les services environnementaux qu’ils fournissent (conservation de la biodiversité, régulation des mécanismes qui régissent les changements climatiques, lutte contre la désertification, régulation des hydrosystèmes).
Gérer ces écosystèmes implique donc de comprendre d’une part les enjeux écologiques et techniques permettant la maîtrise de la déforestation, la préservation des milieux et des espèces, et la fonctionalité des écosystèmes, et d’autre part les transformations majeures des pratiques de management, publiques comme privées, qui s’y développent dans une économie de plus en plus mondialisée.
Les professionnels qui sont confrontés à ces questions doivent donc être dotés d’une solide formation leur apportant connaissances et compétences dans les domaines des sciences écologiques, forestières, agro-forestières et dans les domaines des sciences sociales, économiques et de gestion. La pluralité des acteurs impliqués dans la gestion de ces milieux, y compris des populations locales souvent démunies, l’émergence de nouvelles arènes de discussion sur les modalités de gestion qui dépassent les seules échelles de décision nationale et locale, l’affaiblissement des modes de régulations publiques, sont autant de facteurs qui font évoluer leurs métiers.
Ces professionnels doivent donc acquérir un sens critique, et des capacités d’innovation en situations multi-culturelles s’ils veulent pouvoir éclairer les choix en matière de gestion de ces milieux.

La dominante donne accès à 4 grands ensembles de compétences avec de nombreux modules optionnels permettant aux étudiants d’adapter leurs parcours à leurs enjeux professionnels.

- Connaissance des écosystèmes forestiers tropicaux : Ecologie des forêts tropicales, Changements climatiques et forêts tropicales. Modules optionnels : Forêt tropicale humide (en Guyane), Botanique tropicale, Bois tropicaux, Ingéniérie écologique, Etudes d’impacts environnementaux.

- Sciences et gestion forestières en contexte tropical : Agroforesterie, Sylviculture et aménagement des forêts tropicales. Modules optionnels : Dendrométrie et inventaire forestier, Aménagement forestier.

- Sciences humaines et sociales pour la gestion des écosystèmes en contexte international : Méthodes d’enquêtes en sciences sociales, Ethnoécologie, Politiques de la nature et stratégies des ONG, Politiques forestières, Economie forestière, Négociation pour la gestion des ressources naturelles. Modules optionnels : Sociologies de l’action organisée et gestion de l’environnement, Analyse stratégique de gestion environnementale, Stratégies des firmes et chaînes globales de valeur.

- Maîtrise des outils de l’ingénieur : Langues, Communication scientifique. Modules optionnels : Systèmes dInformation Géographique (SIG), Statistiques sous R, Modélisation et dynamique des systèmes.

La formation "Gestion environnementale des écosystèmes et forêts tropicales" est une  Dominante d'Approfondissement (3ème année) du cursus des Ingénieurs Agroparistech de l'Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement et, à ce titre, par convention des autres établissements d'enseignement supérieur agronomique français (L'Institut'Agro, l'ISTOM, l'Ecole nationale supérieure agronomique de Toulouse). Elle accueille également régulièrement des étudiants en troisième année de l'Ecole Nationale Supérieure des Technologies et Industries du Bois (ENSTIB).

La formation est organisée en modules (par semaine ou groupe de semaines). Certains enseignements sont linéaires sur le premier semestre (anglais, communication scientifique).

Les principaux enseignements relèvent de la connaissance et de la gestion des milieux naturels et des ressources forestières (écologie, problématique des changements globaux, agroforesterie, sylviculture), ainsi que de la compréhension des dynamiques humaines affectant les écosystèmes (méthodes d’enquête, sciences de gestion, sociologie, ethnoécologie, négociation, économie forestière dans les pays en développement, politiques forestières et environnementales). La communication scientifique, la préparation à l’entrée dans le monde professionnel, et les langues sont également obligatoires.

Les modules sont regroupés dans cinq unités d'enseignement : (1) Écologie des forêts tropicales, biodiversité et changement climatique, (2) Sylviculture, agroforesterie et aménagement des forêts tropicales, (3) Sciences économiques et sociales pour la gestion des forêts et de l'environnement en contexte international, (4) Outils de l'ingénieur, (5) Stage individuel.

Plusieurs modules sont offerts en option, les étudiants pouvant choisir un module parmi ceux proposés au choix la même semaine.

Le deuxième semestre est consacré au stage, d’une durée de cinq mois minimum. Ce stage est réalisé dans le secteur public ou privé (projet de développement, établissement public, ONG, entreprise). Il est fortement recommandé aux étudiants souhaitant poursuivre en doctorat d’effectuer leur stage au sein d’une institution de recherche. Le projet de stage donne lieu à une présentation devant un jury avant le départ. Le stage donne lieu à la rédaction d'un mémoire et à une soutenance devant un jury.

L'équipe pédagogique permanente d'AgroParisTech est appuyée par des partenaires d'autres établissements de recherche et d'enseignement ou issus du secteur opérationnel. La majorité des enseignements est assurée par des intervenants extérieurs exerçant dans la région, ce qui permet des contacts au-delà des cours (documentation, recherche de stages, etc.). Des opérateurs privés interviennent également (bureaux d'étude, consultants). Le campus AgroParisTech de Kourou assure l'organisation du module FTH en Guyane.

Certains modules sont mutualisés avec le Master BioGET ainsi qu'avec le MS FNS-MI.